日本的三大秘境通常指的是以下三個地方：
岐阜縣的白川鄉：位於岐阜縣大野郡白川村，以其獨特的合掌造民居而聞名。這個地區被列為世界文化遺產，是日本傳統建築的重要代表。冬季的雪景和燈光照明下的白川鄉尤為迷人。
德島縣的祖谷山村：位於四國德島縣的祖谷地區，以其神秘和自然風光著稱。祖谷地區不僅有著豐富的自然景觀，還被米其林綠色指南推薦，是親近大自然的好去處。
宮崎縣的椎葉村：位於宮崎縣，是日本最南端的村莊之一。椎葉村以其寧靜的鄉村風光和豐富的自然景觀吸引著遊客，是體驗日本傳統鄉村生活的理想之地。
雖然這些地方在日本被廣泛認為是最具代表性的「秘境」，但值得注意的是，日本的三大秘境並沒有一個官方認定的名單，因此不同的資料可能會有不同的列舉。