在日本免稅店退稅的流程通常包括以下幾個步驟：
選擇免稅商品。在免稅店購物時，選擇免稅商品，並出示護照以享受免稅優惠。
結賬和填寫退稅單。在店內免稅櫃檯結賬，店員會以免稅價格計算，並填寫退稅單，同時在護照上貼上購入記錄票，並在護照和購入記錄票之間蓋章。
辦理退稅手續。在支付完含稅金額後，前往指定的退稅櫃檯或顧客服務中心辦理退稅手續，需要出示所購商品、護照、購物小票，如果使用信用卡，還需要出示申請退稅的本人信用卡。在購入者誓約書上簽字後，之前支付的消費稅將以現金形式返還。
需要注意的是，部分店鋪在退稅時會收取手續費，且被貼在護照上的“商品購入紀錄票”在離境前不得撕下，機場工作人員會回收這些票據。此外，日本機場不辦理退稅事宜，通常只有在大型商場或百貨公司纔可以享受退稅，且部分商場達到一定金額纔可退稅。