日本歷史上曾出現過多箇邪教組織，其中最著名的是奧姆真理教。奧姆真理教是一箇在1984年創立的教會組織，由麻原彰晃創立，該組織融合了印度教、瑜伽、氣功和基督教因素。奧姆真理教在日本有15400多名教徒，因涉及多起恐怖活動，如松本沙林事件、龜戶異臭事件、坂本提律師一家遇害事件和東京地鐵沙林毒氣事件等，被視爲邪教組織。該組織的13名主要成員因犯反社會罪、反人類罪等多項罪名被判處死刑。
除了奧姆真理教，還有其他一些邪教組織，如創價學會和阿萊夫。創價學會是日本最大的邪教團體，自稱擁有827萬信徒，與日本的政治有着密切的關聯。創價學會曾被法國政府列爲邪教，並引起世界多國的警惕。阿萊夫是奧姆真理教的後繼團體，教祖麻原彰晃被逮捕後，教團名由奧姆真理教改爲阿萊夫。
此外，還有一箇自稱擁有1100萬信徒的組織被稱爲幸福科學。