日本的鐵路系統主要由以下幾部分組成：
JR日本旅客鐵道：日本全國主要分為六間JR客運鐵路公司，分別是JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR四國及JR九州。這些公司主要負責城市與城市之間的連線。
新幹線：日本的高速鐵路系統，由JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR九州提供服務。新幹線設有從北海道的函館至九洲鹿兒島的服務，主要城市包括東京、新瀉、長野、橫濱、名古屋、大阪、京都、神戶、岡山、廣島、福岡、鹿兒島等。
私鐵：由私人公司或民營企業經營的鐵路運輸系統，主要補足JR和市鐵的空缺，連線近郊和市中心的主要鐵路。東京、名古屋、大阪及關西地區、福岡及九州地區的主要私鐵包括東京Metro捷運、京王電鐵、小田急電鐵、東武鐵道、西武鐵道、東急電鐵、名古屋鐵道、近畿日本鐵道、南海電氣鐵道、京阪電氣鐵道、阪急電鐵、阪神電氣鐵道等。
市鐵：由政府興建和經營的鐵路運輸系統，提供城市內的交通連線，通常於商業中心、觀光景點等地方設站，是旅客最常利用的交通工具之一。東京、札幌、名古屋、京都、大阪的主要市鐵包括都營地下鐵、市營地下鐵、高速電氣軌道等。
以上基本上就是日本出行常見的交通方式，當然腳踏車也是日本出行常見的交通工具。