明代土司制度是明朝在西南和部分中部東南的少數民族地區實行的一種特殊的地方政權形式，旨在通過任命當地少數民族首領為土司或土官，讓他們按照當地的傳統習慣對所轄地區進行統治。這一制度建立在元朝土司制度的基礎上，旨在治理南方、西南邊疆少數民族地區，實現「以德懷之，以威服之」的管理原則。明朝通過這套制度，對土司區的劃定、土官的任命、朝貢、賦稅、承襲、升遷、懲罰以及對土兵的徵調等方面都有一套完整的規定。明朝還加強了對土司的控制和利用，相比於元代，土司制度的控制和影響力得到了進一步提升。
明朝的土司制度在初期取得了成功，但隨著時間的推移，土司世襲制導致了地方割據勢力的出現，一些土司獨霸一方，對境內人民實行政治壓迫和經濟掠奪，甚至與中央政府對抗。明朝後期，隨著「改土歸流」政策的實施，土司制度逐漸被廢除，大部分土司在清朝雍正、乾隆年間完成了歸流。