明朝實行的是兩京制，有兩個法定首都，分別是北京（順天府）和南京（應天府）。兩地均設定了六部官員，兩地間的機構互相不隸屬，在皇帝面前是平等關係，是皇帝的兩套班子。北京在明英宗正統六年正式成為首都，而南京自朱元璋時期起就是首都。此外，明朝還設有中都鳳陽，這是朱元璋的家鄉，他在洪武二年將其設定為都城，意為「中天而立之都」，有著龍興之地的意思。中都鳳陽位於今安徽省滁州市鳳陽縣城西北，地處江淮間較為開闊平緩的地帶，是明初朱元璋在其家鄉臨濠以高標準高規格建設的都城，被認為是最能體現《考工記》城市規劃思想的中國古代理想的都城之一。