《星際爭霸II》的故事結局是人類、星靈和異蟲之間爆發了混戰，各自面臨毀滅的威脅，在各自的壓力之下，三大種族的領導者進行和談。
在結局的版本中，有兩種可能的路線。第一種是艾爾星靈的星靈執政官拉莎加爾可能會選擇合作，結束戰爭，結束紛爭。第二種是與暴風大和談判之後成立新的聯盟政府，並成立一個新的國家或者是一個國際組織，並且聖堂武士也開始嘗試學習人類一樣進行文化和科技上的交流。同時塔薩達也把刺蛇控制者交給聯邦當局來保管。以上所有事情完成後就會將靈魂分離然後集體自我封印來保留下界避免惡魔侵蝕更高的星際航道或星域，從結果上看，《星際爭霸Ⅱ》最後的《自由之翼》結局是和平的。
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