暖水瓶中水垢的形成主要是由於水中的鈣鎂離子在加熱過程中形成碳酸鈣和硫酸鈣等不易溶於水的物質沉積在瓶內壁。去除暖水瓶中的水垢有多種方法，其中使用白醋是最常見且有效的方式。白醋的酸性可以與水垢發生酸鹼中和反應，使水垢軟化甚至脫落。在使用白醋時，可以加入一些白糖作為發酵劑，以及小蘇打增強去污能力。加入開水後，將暖瓶靜置數小時，然後搖晃以幫助水垢脫落。
其他方法包括使用雞蛋殼或茶葉，這些物品在熱水中能夠起到去污作用。雞蛋殼因為其硬度，可以在搖晃過程中幫助去除水垢，而茶葉中的茶鹼也有助於去除水垢，並留下清香味道。
除了上述方法，還可以使用檸檬酸、漂白粉或專用水垢清潔劑進行清潔。在使用這些清潔劑時，應按照產品說明進行操作，並注意個人安全以及避免使用硬質刷子或金屬物品以免刮傷暖水瓶內壁。
預防水垢的產生也是重要的，可以通過定期更換水、使用過濾器或淨水器減少水質中的雜質，以及使用軟化水器來減少水中的硬度。