在《地下城與勇士》遊戲中，暗魂水晶主要用於以下幾個方面：
裝備升級。可以使用暗魂水晶在NPC杜羅西處將100級的傳說裝備升級爲史詩裝備，升級過程需要2000個暗魂水晶材料和100個董青石。
兌換史詩裝備袖珍罐。在NPC杜羅西的商店中，可以使用1450個暗魂水晶材料和100個董青石兌換100級史詩裝備的袖珍罐，開啓後可以隨機獲得一件史詩裝備。
兌換附魔寶珠。可以兌換輔助裝備的附魔寶珠、魔法石的附魔寶珠以及耳環的附魔寶珠。
兌換智慧結晶碎片。在NPC洛莫扎特、諾頓或洛巴赫處，可以使用一箇暗魂水晶換取一箇智慧結晶碎片，兌換比例是1比1，100個智慧結晶碎片可以換取一箇智慧結晶，智慧結晶用於換取銘記之石。
此外，暗魂水晶還可以對激發時空之力的防具和完成黑暗低語的首飾或特殊裝備賦予更強大的能力。