"最好的三本"這個問題的答案取決於評價的標準。如果以學校的綜合實力、教學質量、學科建設、科研水平等方面為評價標準，那麼以下三所學院可以被認為是較好的獨立學院：
武昌首義學院：位於湖北省武漢市，創辦於2000年，是經國家教育部批準設立的本科層次的民辦全日制普通高等學校。學院現有武昌、嘉魚兩個校區，總占地134.5萬平方米，教學、生活、活動等現代化設施一應俱全。
昆明城市學院：雲南師範大學商學院創辦於2000年，形成以經濟學和管理學為主體，多學科協調發展的學科專業體系，是經教育部審批，由雲南師範大學利用社會投資按新的機制和新的模式舉辦的獨立學院，屬普通高等教育本科層次。
四川大學錦江學院：位於四川省眉山市彭山區，是經教育部批準、由百年名校、國家「985工程」和「211工程」重點建設的教育部直屬全國重點大學四川大學與四川旭峰實業有限公司舉辦的獨立學院。
以上三所學院均具有較高的教學水平和學術研究能力，能夠為學生提供良好的學習和研究環境。