曚雲神社的石塊解密過程包括兩個主要步驟，具體如下：
點亮石燈：
首先，來到曚雲神社的最高處，觸發對話。根據提示，嘗試點亮周圍的石燈。
使用雷靈來解鎖石燈。雷靈1觸碰完成後，會出現雷靈2和雷靈3，分別位於鳥居的兩側。觸碰這些雷靈後，它們會幫助點亮更多的石燈。
在觸碰完鳥居上的雷靈後，回頭看，會發現廢棄神社頂上出現了一個雷靈4。觸碰雷靈4後，點亮最後一個石燈，從而解鎖寶箱。
調整立方：
解謎線索：調查地上學者的筆記，得知北=1,東=2,南=3,西=4。目標是調整立方，使得每行、每列和兩條對角線的數字之和相等，且不出現重複數字。
解謎過程：首先標記所有立方，並根據已知信息確定部分立方的數值。例如，2號立方面朝南，因此其數值為3；3號立方面朝西，數值為4；6號立方面朝北，數值為1；7號立方面朝東，數值為2。4號立方沒有面朝的指示，因此其數值為9。
帶有懸浮石板的立方分別是3號、5號、8號和9號。通過邏輯推理和嘗試，可以確定每個立方的數值，使得九宮格的每行、每列和兩條對角線的數字之和都等於15。
最終，根據學者的筆記和立方的面朝方向，可以確定每個立方的正確數值。完成這一步驟後，將獲得一個精緻的寶箱作為獎勵。
通過以上兩個步驟，玩家可以成功完成曚雲神社的石塊解密任務。