木耳的保存方法主要取決於其狀態，即泡發或乾燥。以下是兩種狀態下木耳的保存方法：
泡發木耳的保存。將泡好的木耳裝入保鮮袋或其他密封容器中，確保木耳完全覆蓋以防止細菌滋生，然後將其放置在冰櫃的冷藏室，這樣的保存方式可以讓木耳保持新鮮兩到三天。如果木耳已經泡發但未使用完畢，建議吃多少泡多少，儘量避免長時間在常溫下保存，特別是在炎熱天氣下，常溫保存不應超過一天。
乾燥木耳的保存。將乾燥的木耳放在乾燥、陰涼、避光的地方，以防止受潮、發霉或蟲蛀，如果儲存條件良好，乾燥的木耳保質期通常為一年左右，但有些情況下可達到兩年甚至更長。為了確保最佳品質，定期將乾木耳拿出來曬乾是必要的。如果發現木耳受潮、發霉或有蟲蛀，應避免食用。