朱丹溪的故事主要有兩個：
1. 懸壺濟世：有一次，一個病人拿著一幅畫來求他治病，畫上畫著一個老頭兒，身邊放著一口小藥壺。病人說：“這個老頭兒會治病，請他給我看病。”朱丹溪接過畫一看，原來畫的是“仙人賣濟世藥”的情景。朱丹溪便收下了病人給他的錢，為病人治好了病。從此，朱丹溪的名聲越來越大，病人紛紛找他求藥。朱丹溪便在門前掛起“朱丹溪醫室”的牌子，旁邊放一個藥壺，表示“懸壺濟世”。
2. 治好肺癆：有一個肺癆病人在朱丹溪那裡抓藥後病情好轉，肺癆病人非常感激他，逢人便講朱丹溪的高明醫術。朱丹溪聽說後便去拜見肺癆病人，肺癆病人對朱丹溪感激涕零，說：“我吃了你的藥已經痊癒了。”接著，肺癆病人指著一個凳子讓朱丹溪坐下，對他說：“以後你要是來看病就用這個凳子，我先告訴你我得的病名，以免你誤會。”從此以後，朱丹溪坐診時就把病人的病名寫在紙上。他的名聲也越來越大。
這些故事展示了朱丹溪高尚的醫德和精湛的醫術。