朱巴河的水系特徵主要包括：
流域面積與流向：朱巴河的流域面積廣泛，總體自西北向東南流。
流程與支流：流程長，上游支流眾多，而中下游支流較少。
水系形狀與河床狀況：河流上游落差大，水蝕作用強，攜帶大量沙石。下游部分河段因人為築堤束水，導致河床高出兩岸地面，甚至出現地上河現象。
氣候與流量：流經地區氣候多樣，上游山區落差較大，下游由熱帶草原氣候向熱帶沙漠氣候過渡，導致流量變化大，洪水期在10-11月，枯水期在2-3月。
地理特徵：河流上游及支流流經峽谷地帶，具山地河流特徵。進入平原後坡度變緩，泥沙沉積，下遊河床高於河岸，河流改道且形成大量牛軛湖。
經濟活動：流經地區土壤肥沃，產棉花、花生、玉米等作物，是農業較發達地區。同時，也是礦產資源豐富的地區。
綜上所述，朱巴河是一個具有複雜水系特徵的河流，其水系特徵受到地形、氣候和人類活動等多種因素的影響。