柑橘褐腐病的防治方法主要包括以下幾種：
藥物防治。使用特定的化學農藥，如50%咪鮮胺錳鹽可濕性粉劑、50%福美雙可濕性粉劑、70%代森錳鋅可濕性粉劑、78%波爾·錳鋅可濕性粉劑、77%可殺得可濕性粉劑、25%瑞毒霉可濕性粉劑、64%防毒礬可濕性粉劑等，定期噴灑在柑橘果實上。
農業防治。包括清潔果園、修剪病枝，以減少病菌的初侵染來源；合理施肥，增施鉀、磷、氮肥，提高植株抗病力；及時排水，降低果園濕度；鋪設地膜或使用反光地膜，降低樹冠內膛濕度；選擇抗病品種，適當稀栽。
生物防治。利用某些菌株或真菌對柑橘樹進行接種，保護柑橘樹不受病菌侵害。
以上方法可以結合使用，以達到更有效的防治效果。