柯南變小的原因是因爲他在與黑衣組織對抗的過程中，被強行喂下了名爲APTX-4869的毒藥，這種藥物導致他的身體縮小，從此以小學生的形象出現。在《名偵探柯南》的故事中，工藤新一原本是一名高中生偵探，但在某次調查中，他目睹了黑衣組織的可疑行爲，並在隨後的一次偷襲中被灌下了這種藥物。因此，柯南開始了他的小學生生活，儘管身體縮小給他帶來了很多不便，但也讓他能夠以小學生的身份繼續幫助毛利小五郎解決案件，並利用自己的智慧和勇氣對抗黑衣組織。
在故事中，柯南曾經短暫地變回過工藤新一的身份，但這種變化是暫時的，並且伴隨着副作用。他通過服用某種藥物能夠短暫地變回成年人的身份，但這種狀態只能維持一段時間。柯南的身高在變小的過程中也相應地變矮，這與他的實際年齡無關，因爲即使身體變小，他的心智仍然是成年人的水平。