核孔的主要功能是實現細胞核和細胞質之間的物質交換和信息交流。
核孔是一種特殊的跨膜運輸蛋白複合體，它構成了細胞核與細胞質之間的雙向運輸的親水性通道。這種結構允許細胞質中的蛋白質、小分子有機物等進入細胞核，同時細胞核中合成的RNA可以通過核孔進入細胞質。但需要注意的是，雖然核孔允許某些大分子如信使RNA通過，但對DNA的通過有嚴格的控制，病毒DNA是例外。
此外，核孔的數量和密度與細胞的代謝活性密切相關，代謝活躍的區域往往有更多的核孔。這些核孔複合體由多種蛋白質組成，對進出核孔的物質具有選擇性調控作用。