核酸採集方法主要包括口咽拭子和鼻咽拭子兩種方式，每種方式的具體步驟如下：
口咽拭子採集。被採集人員頭部微仰，嘴張大，露出兩側扁桃體。採集人員將拭子越過被採集人員舌根，在兩側咽扁桃體稍微用力來回擦拭至少3次，然後在咽後壁上下擦拭至少3次。拭子頭浸入含2至3ml病毒保存液的管中，尾部棄去，旋緊管蓋。
鼻咽拭子採集。採樣人員一手輕扶被採集人員的頭部，一手執拭子，拭子貼鼻孔進入，沿下鼻道的底部向後緩緩深入。待拭子頂端到達鼻咽腔後壁時，輕輕旋轉一周，然後緩緩取出拭子。拭子頭浸入含2至3ml病毒保存液的管中，尾部棄去，旋緊管蓋。
在採集過程中，除拭子外，採樣人員手不得觸碰口腔或採樣管管口及內壁。被采人員採集前30分鐘避免進食和飲水，以防止假陰性結果。核酸採樣時，被采人員之間應保持2米的排隊間隔。採集完畢後，標本應放入有生物標識的透明塑膠袋中並封嚴袋口，用75%酒精噴灑密封袋外包裝，然後將密封袋放入專用低溫標本轉運箱中密閉轉運。