根系修剪的作用包括以下幾個方面：
通過對根系的適度修剪，可以控制果樹的生長發育，增加產量，並改善品質，提高對資源的利用效率。
修剪根系能直接影響根系的生長及其功能的發揮，適當的修剪能促進新根的生長，增加根系的數量和粗壯程度。
修剪果樹的根系能在短時間內抑制地上部分的營養生長，但新根生長後，地上部分會迅速恢復生長。
合理的斷根可增加苗木的鬚根量，提高根系吸收水分和礦物質的能力，並在一定程度上抑制樹木的整體長勢，這有助於提高移栽的成活率和調控樹木的生長勢。
對於多肉植物這類特定植物，根系修剪可以促進其生長，防止爛根，並增加植物的美觀度。
根系修剪還有助於改善土壤的物理性狀，如鬆軟度、透水性和透氣性，同時能促進土壤有機質的分解，使之更易被植物吸收。
此外，根系修剪還可以促進光合作用、發芽、生長、開花和成熟，抑制有害微生物的繁殖，預防和減少病蟲害的發生。