梯度PCR（溫度梯度聚合酶鏈式反應）的原理是在PCR反應中設定一系列不同的退火溫度，以便找到最適合特定DNA片段的最佳退火溫度。這一過程通過使用支持梯度退火溫度設定的PCR儀實現，該儀器能夠在不同的列或行中設定不同的溫度條件。在梯度PCR中，同一批PCR反應可以在多個不同的退火溫度下進行，從而快速確定最佳退火溫度，或在最佳退火溫度下進行目的條帶的擴增。這種方法不僅節省了實驗時間、提高了實驗效率，而且節約了實驗成本。梯度PCR廣泛套用於分子生物學、醫學、食品工業、司法科學等領域，用於檢測DNA/RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。