植物病原菌主要包括以下幾種類型：
細菌。包括土壤桿菌屬(Agrobacterium)、歐文氏菌屬(Erwinia)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、黃單胞菌屬(Xanthomonas)、鏈絲菌屬(Streptomyces)、嗜酸菌屬(Acidovorax)、根桿菌屬(Rhizobzcter)、根單胞菌屬(Rhizomonas)、嗜木質菌屬(Xylophilus)、泛生菌屬(Pantoea)和木質部小菌屬(Xylella)，革蘭氏陽性細菌如棒形桿菌屬(Clavibacter)、節桿菌屬(Arthrobacter)、短小桿菌屬(Curtobacter)、紅球菌屬(Rhodococcus)和芽孢桿菌屬(Bacillus)、布克氏菌屬和韌皮部桿菌屬等。
真菌。如Magnaporthe oryzae（引起稻瘟病）、引起小麥赤黴病的鐮刀菌（Fusarium graminearum）、引起鏽病的鏽菌（Puccinia species）、引起白粉病的粉狀黴菌（Erysiphe species）等。
病毒。如馬鈴薯Y病毒（Potato virus Y）、黃徵病毒（Yellows virus）、菸草花葉病毒（Tobacco mosaic virus）等。
此外，植物病原菌還包括一些其他類羣，如支原體、衣原體、植原體等原核生物，以及線蟲和高等植物如菟絲子、列當獨腳金等。