椰土的使用方法主要包括單獨使用和配合使用。
單獨使用時，椰土可以作爲飼養墊材，用於雨林類爬蟲的飼養，如烏龜、蜘蛛、昆蟲等。使用時，應先將椰土翻鬆至用手捏實而不滴水的狀態，然後均勻鋪在容器內。更換頻率約爲每10~15天一次，以保持環境的清潔。
配合使用時，椰土可以與營養土、園土、有機肥、炭渣、蛭石等混合，用於植物的種植。混合比例視具體植物需求和土壤類型而定，一般爲椰土與其它成分等量或按一定比例混合。例如，對於喜歡疏鬆肥沃土壤的植物，可以使用椰土、有機肥、腐葉土和蛭石混合；對於喜歡粘性土壤的植物，可以使用椰土、腐殖土、有機肥和煤渣混合。
澆水時，應注意椰土的保水性較好，應避免過度澆水導致土壤過溼，引起植物根部腐爛。澆水時，可以先取出一小塊土壤捏實，若出水量較小，則可在表層土壤噴灑水分，使水均勻滴落。
此外，在使用椰土時還應注意其營養成分較少，可能需要額外添加肥料以滿足植物生長需求。對於植物的培土和根部保護也是重要的考慮因素，特別是在使用椰磚等吸水性強的材料時。