次氯酸水消毒的原理主要基於次氯酸（HOCl）的強氧化性和不穩定性。
在消毒過程中，次氯酸能夠迅速分解，形成新生態氧，這種新生態氧具有強烈的氧化作用，可以使細菌和病毒表面的蛋白質變形，從而殺死這些病原微生物。次氯酸分子量小且不帶電，因此能夠滲透到細菌（病毒）體內，與細菌（病毒）體內的蛋白、核酸、酶等有機大分子發生反應，進一步殺滅病原微生物。此外，次氯酸還能作用於細胞壁和病毒殼，顯著改變病原體的滲透壓，使其喪失活性。
需要注意的是，雖然次氯酸消毒效率高，但在使用過程中應避免高濃度使用，以免對人體造成傷害。同時，次氯酸本身不穩定，需要妥善儲存。