打水果甜蜜素的方法主要有葉面噴灑、根部浸泡和枝條刷塗三種。葉面噴灑和根部浸泡的效果更顯著，適用於大面積果園；而枝條刷塗則適用於小面積果樹和無法進行其他方法的樹木。施用甜蜜素的時間和次數因不同水果種類和樹齡而異，但一般在培育期一至兩年的果樹高峯生長期結束後開始施用，已開花結果的果樹可在果實膨大期至盛果期施用。
施用甜蜜素時，應根據果樹品種、果實類型、果期等因素選擇合適的濃度，一般使用濃度爲500-1000倍。噴施時間應選擇在晴朗的天氣條件下，避免在陰雨天噴施，以免影響甜蜜素的吸收效果。在噴施時，應將甜蜜素均勻地噴施在果實表面上，不要漏噴或誤噴。此外，還可以使用一些小技巧來增加效果，如在噴灑時加入適量的肥料，可以促進植物生長和果實成熟；在使用甜蜜素後及時進行適量的灌溉，可以增加水分和營養物質的供應，從而對果樹有更好的保護作用。