水生植物在生態系統中扮演著多種重要角色，具有淨化水質、維護生態平衡、提供生物多樣性、經濟價值和觀賞價值等作用。具體如下：
淨化水質。水生植物能夠吸收水中的營養物質（如氮、磷），減少水體富營養化，同時吸收和降解水中的有害物質（如重金屬、農藥），提高水質。例如，草魚藻能吸收氨氮和硝酸鹽，黃菖蒲能吸收重金屬離子，荷花能吸附磷和氮等營養物質。
維護生態平衡。水生植物通過其根系和光合作用，可以改善水體中的氧氣含量，促進水體微生物的活性，增強污染物的生物降解過程。
提供生物多樣性。水生植物為水生動植物提供食物來源和棲息場所，保護生物多樣性，如挺水植物為鳥類提供築巢場地，沉水植物為魚類和其他底棲生物提供棲息地。
防止水土流失。在河流湖泊邊緣或濕地生態系統中種植水生植物，可以增強河岸土壤的穩固性，防止洪水沖刷。
景觀價值。水生植物以其獨特的形態和色彩，豐富水域景觀，成為公園、湖泊、旅遊景區等的重要元素。
經濟價值。某些水生植物如荷花、茭白、蓮藕等被用作食品或藥材，具有經濟價值。