水稻催芽器的使用方法主要包括以下步驟：
準備材料。需要催芽容器（如塑膠桶），底部最好安裝一個出水閥以便排水換水。準備紗網袋，用於裝種子。
選種與裝種。先將乾種子倒入水中或鹽水中攪勻，清除浮在水面的雜質。然後將種子裝入紗網袋，放入容器底部中央，用簍子扣住。
種子消毒。使用咪鮮胺進行消毒，按每1到2公斤種子配25%咪鮮胺1克，消毒時間約10個小時。消毒後需洗淨換水。
水溫設定。一般設定溫度為32度，催芽器會自動停止和加熱。
觀察水質。催芽期間需觀察水質變化，若水質變壞（如顏色變黃或黑、有異味），需及時換水和洗種。
催芽過程。加水沒過種子10厘米以上，連線氣管和溫控線，打開供氧泵和加熱開關開始催芽。總催芽時間約48小時。
後續處理。若需繼續長根長芽，應瀝乾水，斷電，表面覆蓋保溫約12小時，芽長控制在0.5厘米內。
以上步驟需在安全的環境下進行，使用前應認真閱讀使用說明並觀看使用視頻，確保了解所有安全措施。