水藻是水中的隱花植物，沒有根、莖、葉的區分，既可以是單一細胞，也可以由多個細胞組成。其繁殖方式主要有以下幾種：
細胞分裂。這是單細胞水藻的主要繁殖方式，例如綠藻門中的原球藻屬和藍藻門中的色球藻屬，母細胞會分裂成兩半，子細胞逐漸成長，並具有母細胞的形態和結構。
營養繁殖。包括斷裂、出芽和珠芽。斷裂適用於群體、絲狀體或葉狀體的藻類，如綠藻門的絲藻屬和藍藻門的粘球藻屬，藻體可以斷裂成小的斷片，每一斷片都能再生成一個成熟的藻體。出芽例如原管藻屬（綠藻門），其氣生部分可生出側芽，小芽脫離母體後發育成具有自己假根的另一個新藻體。珠芽如輪藻屬，其基部可長出小結節，稱為珠芽，珠芽內含有澱粉，可由其生長發育成新的輪藻體。
無性生殖。通過一類稱為孢子的無性生殖細胞進行繁殖，例如產生具鞭毛、能遊動的遊動孢子。
二分法、孢子繁殖等。這種方式適用於某些特定種類。
總的來說，水藻的繁殖方式多樣，主要取決於其種類和生存環境。