《沙丘》的故事發生在遙遠的未來，人類在開發出超越光速的宇宙旅行之後殖民了許多星球。在這個宇宙中，最值錢的是一種名貴香料，是太空旅行導航必備的物質，全宇宙只有一個地方能夠生產香料，那就是又名「沙丘」的貧瘠沙漠星球亞拉基斯。
兩大家族「哈克南」與「厄崔迪」之間最為激烈，哈克南家族靠著提煉香料獲得了極大的財富與權勢，而厄崔迪家族則是被皇帝下令，將亞拉基斯的統治權轉移給哈克南的宿敵厄崔迪家族。厄崔迪家族的族長雷托公爵帶著他唯一的兒子保羅、妻子傑西卡跟一堆大臣還有軍隊就入駐了沙丘，開始在沙丘上建立據點，並且開始接管沙丘。
然而，厄崔迪家族在遭遇背叛後，家族的繼承人保羅決定接受命運的指引，去保衛自己的家族和人民。在這個過程中，保羅逐漸可以溝通控制沙蟲，利用沙蟲跟他的預見能力，以及母親作為聖母後對弗雷曼人的動員能力，團結了弗雷曼人。