沙漠化的危害主要包括：
對生態環境的破壞。沙漠化導致生物多樣性的減少，植被和動物種群的減少或滅絕，以及土壤肥力的自然恢復過程非常漫長，人為措施恢復土壤肥力需要巨大投入。
對人類生活的威脅。沙漠化導致土地逐漸失去生產力，嚴重影響農業和畜牧業，降低農作物產量，減少牧草產量，降低土地載畜能力，同時，它還破壞交通、水利等基礎設施，影響社會穩定和經濟發展。
加劇自然災害的發生。沙漠化導致沙塵暴、旱災和洪水等自然災害的增加，影響飛機正常起飛和降落，破壞通訊、輸電線路和設施，威脅居民安全。
加劇貧困程度。在沙漠化嚴重的地區，農民和牧民的收入減少，生活變得更加貧困，沙漠化還導致生物群落的退化，進而影響動植物的生存和發展，形成惡性循環。