活石並不是指活蹦亂跳的石頭，而是特指由死亡的珊瑚骨和泥沙混合起來的石頭。這種石頭的質量很輕，而且上面有大量的孔隙。由於長年累月的浸泡在海洋當中，所以孔隙當中聚集了大量的細菌。石頭表面也是富含了各種微生物和藻類，每一塊石頭都是充滿了生命力。用鼻子來聞聞看，還能聞到一股新鮮海洋的腥味。所以也就有了活石之稱。
活石是從海里打撈上來的，現在國內的活石大多是從海南打撈的。活石是珊瑚礁死亡後留下的產物，生前就是珊瑚本體（骨骼），死後就成為了石頭（礁石，也就是珊瑚礁，主要成分是碳酸鈣，也可以用到鈣反應器里）。活石裡面有很多菌群，這些菌群各種各樣，都各自分擔著一些改善水質的功能。比方說表面和淺層的菌群負責將一些蛋白質轉化成氨，氨轉化為NO2，還有將NO2轉化為NO3的，石頭內部有將NO3轉化為氮氣或者直接被微生物消耗利用的。我們把這一系列的轉化稱之為氮循環，這種循環的存在使得海水缸內的有害物質始終保持很低的狀態，從而能使魚類和珊瑚類等等的生物都能在魚缸里存活下來，這就是柏林系統的主要部分。