流明石原礦的位置分布在不同的區域，以下是詳細介紹：
臨時主礦道。這裡有19個流明石原礦，其中一些位於高台上的木起重機的吊鈎上、斷裂的木橋中間、傳送點旁邊的地面、山頂木起重機頂端、瀑布中間的湖面上、瀑布下木平台的罐子裡、巨蛇旁邊的山壁中間、巨蛇岩洞上方的洞穴地上等位置。
巨淵主礦區。這裡也有19個流明石原礦，部分位於11號對面斷掉的棧道上、下方的平台上、起降機上、東邊的傳送點下方、木箱中間的陶罐里、鐵軌的中央、主線里找到兩個鑰匙後開啟的地方等。
崎嶇石廳。這裡有2個流明石原礦，其中一個位於老何留下的線索附近，另一個位於擊殺怪物後天空中丟出的位置。
層岩巨淵入口。這裡有一個流明石原礦，位於獲取線索「調查營地附近的流明晶石」的位置。
此外，還有其他位置如巨蛇岩洞、崎嶇石廳等也有流明石原礦分布。