在《消逝的光芒》中，存檔方式主要有以下幾種：
自動存檔。遊戲中包含自動保存功能，每次正常退出遊戲時都會自動存檔遊戲的進度，確保玩家退出遊戲後，遊戲會在稍後將雲存檔上傳，使玩家即使更換設備也能繼續使用存檔。
主動存檔。玩家可以在遊戲中的安全屋內睡覺來手動保存遊戲，這通常會將遊戲進度保存。
任務切換。在系統列中切換任務後退出遊戲，再重新進入，會使玩家刷新到任務地點附近。
雲存檔。如果玩家的平台綁定了遊戲賬號，就可以在任何電腦上讀取主機的雲存檔。
劇情存檔。玩家每完成一次主線或支線任務，遊戲都會自動存檔一次，用作遊戲的復活點。
此外，玩家也可以通過遊戲選單手動保存遊戲進度，這通常涉及到在遊戲選單中選擇保存遊戲選項，然後給保存的遊戲命名。