《涉谷怪談》講述了女主角沙耶加在東京涉谷區迷失方向後，發現了隱藏在繁華街區的幽靈公寓，並與住在其中的五個超自然生物相遇，展開了一段不可思議的故事。
其中，五個超自然生物分別為：
* 九條：一位在涉谷商業街“虛街”中的一棟大樓內租下房間的不可思議少女，大約5年級學生的模樣。經常將一張與這個少女相似面孔的男人稱為哥哥。喜歡親昵的稱呼沙耶加為“小沙耶”。
* 羽田仁希：在公寓中與九條為鄰的青年，自稱為九條的哥哥。真實身份不明。
* 佐伯克哉：自稱是公寓管理員的男子，實際上是公寓的幽靈。
* 雪白姬子：在公寓中住著的五位幽靈中的一人，為一名少女，總是手持一把小刀，具有讀心術和操縱時間的能力。
* 宇佐美真希子：一個總是面帶笑容的幽靈女子，能夠看到幽靈並與其對話。
這些超自然生物與沙耶加之間發生了一系列不可思議的事件，其中也涉及到公寓的過去和真相。
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