清水祖師爺的故事有很多，以下是一些典型的例子：
1. 降伏猛虎：清水祖師有一日出遊，來到一處山村，見到村民驚恐萬狀，一問才知村中有猛虎傷人。清水祖師便要求村民拿來紙筆，揮筆寫下了“猛虎下山”四字。村民都以為清水祖師是降妖除怪的高手，對他非常敬仰。清水祖師趁機對村民說：“老虎是我的化身，如果你們想把它降伏，就在山下為我立廟祭拜。”結果村民按照他的指示去做，果然就把猛虎制服了。
2. 清水祖師夜斷兇殺案：一天夜晚，一位婦人向村民哭訴自己的兒子將與同村的另一名少年發生衝突，清水祖師立即趕到衝突地點。當清水祖師到達時，兩位少年正欲拔刀相向。清水祖師當即呵斥二人，並將他們勸解下來。隨後清水祖師給二人講述了“因緣和合”的道理，使得他們冰釋前嫌。
這些故事展現了清水祖師的能力和慈悲心腸，使他成為了深受人們敬仰的僧人。此外，還有很多故事展現了清水祖師的神奇事跡，這些故事一直流傳至今。
然而需要明確的是，雖然這些故事充滿了神秘色彩和虛構的元素，但是並不能被視為科學證據或真實歷史事實。這些都是文化和民間傳說中的故事，應該以開放和尊重的態度去理解和接受。