游耕是一種粗放的耕作方式，其危害主要包括：
土壤鹽漬化：由於採用大水漫灌且只灌不排的灌溉方式，會導致土壤鹽分積累，引發土壤鹽漬化。
土壤結構破壞和板結：長期不深耕深松、機械耕作碾壓和踐踏，以及缺少秸稈還田和綠肥種植，導致土壤有機質得不到補充。超量施用化學氮肥和頻繁表土耕翻加劇土壤碳耗竭，引起土壤結構破壞和板結。土壤板結直接影響土壤-植物系統的物質轉化和能量交換，甚至導致某些生理活動和生命代謝不能正常進行。
土壤酸化和次生鹽鹼化：長期過量使用生理酸性肥料和化學氮肥，導致土壤中的酸性物質不斷增加並積累，土壤中的鈣鎂等鹼性物質被作物吸收利用或淋洗而減少，缺乏必要的補充調節，使土壤出現酸化現象。土壤酸化加速土壤貧瘠化，土壤有害重金屬活化，土壤有害微生物特別是寄生真菌增加，土傳病害嚴重發生。
土壤養分有效性和作物營養狀況惡化：由於「犁底層」上移並加厚，形成阻隔層，阻礙土壤水分、養分和空氣的上下運行，阻礙作物根系下扎延伸，導致土壤蓄水減少，抗旱性能下降，土壤養分有效性和作物營養狀況惡化。
綜上所述，游耕對土壤的負面影響是多方面的，包括土壤結構破壞、板結、酸化和次生鹽鹼化，以及土壤養分有效性和作物營養狀況的惡化。這些影響最終會導致土壤肥力下降，影響作物的生長和產量。