滷蛋的保存方法有多種，可以根據不同的條件選擇適合的方法：
室內溫度保存。如果室內溫度較低，可以將滷蛋放在陰涼通風的地方，這樣可以延長滷蛋的保質期。不過，應儘快食用，因爲滷蛋放久了可能會產生對人體健康有害的成分。
真空包裝。使用真空包裝袋排除空氣中的氧氣或細菌與滷蛋接觸，從而延長其保質期。真空包裝的滷蛋在陰涼乾燥的地方可以保存約一星期。
冰箱保存。將滷蛋放入冰箱冷凍櫃中，低溫可以抑制細菌生長，延長滷蛋的保質期。但這種方法可能會使滷蛋口感下降。若選擇冷藏而非冷凍，滷蛋在冰箱中可以保存3到4天。
滷蛋汁液保存。將滷蛋浸泡在滷蛋汁液中，然後放入冰箱的保鮮櫃，這種方法也能延長滷蛋的保質期，至少能保存一週不變質，但口感可能變差。
鹽水保存。在沒有冰箱的情況下，可以將滷蛋放入涼鹽開水中，鹽的濃度對很多菌類有抑製作用，可以保存2到3天。
密封保存。使用密封的容器或保鮮袋保存滷蛋，放在冰箱冷藏，這也是一箇有效的保存方法。
選擇保存方法時，還應考慮滷蛋的食用期限和個人的口味偏好。