漱口水的原理主要在於其成分與口腔中的細菌和廢物相互作用，以達到清潔口腔、減少疾病的目的。
漱口水通過機械沖刷和抗菌抑菌作用，幫助去除食物殘渣和減少細菌生長，同時，一些漱口水還含有成分如香精、酒精、表面活性劑和防腐劑等，這些成分能夠清新口氣、去除口臭，並具有一定的殺菌作用。例如，醫用漱口水通常含有聚維酮碘、氯己定、過氧化氫、抗生素等有效成分，能夠直接作用於口腔中的病原微生物，起到消毒和促進傷口癒合的作用。而日常使用的漱口水則更多關注於口氣清新和日常口腔衛生的維護。
此外，漱口水中的某些成分如氟化物還有助於預防齲齒。