漳州市擁有眾多河流，其中最重要的兩條是九龍江和漳江。以下是這兩條河流的詳細信息：
九龍江。也稱為漳州河，是福建省第二大河流，僅次於閩江。九龍江分為北溪、西溪和南溪三條支流，其水系河流總長達到1148公里，流域面積約為14741平方公里。九龍江在漳州市境內流域面積約占51.3%，對漳州市的水文環境具有重要影響。
漳江。原名雲霄溪，是福建省南部主要的獨流入海河流之一。發源於平和縣博平嶺山脈東麓大峰山，全長約66.2公里，流域面積約1038平方公里。漳江在雲霄縣境內流長58.2公里，占據縣域內855.2平方公里的流域面積。漳江的支流包括火田溪、安厚溪、車圩溪、南溪和山美溪等。
此外，漳州市境內還有鹿溪、東溪、梅溪等其他河流，這些河流多數屬於山地性河流，幹流走向多為西北至東南，最終流入台灣海峽。這些河流不僅對漳州市的水資源供應至關重要，同時也對該地區的生態環境和農業活動有著直接影響。