辦理澳門特別行政區護照，需要遵循以下步驟：
領取申請表：澳門特別行政區永久性居民中的中國公民，持有澳門特別行政區永久性居民身份證，可以申請澳門特區護照。居民需攜帶本人身份證和戶口簿到當地出入境管理機關，領取《中國公民往來港澳地區申請審批表》。
填寫申請表：申請表需用藍黑色或黑色水筆填寫，包括姓名、身份證號碼、家庭住址、申請種類、申請事由等內容。身份證號碼需填寫18位。
複印身份證、戶口簿，照相：填好申請表後，需要複印身份證和戶口簿個人資料，並貼上在申請表背面。此外，還需提供一張近期正面白底免冠半身、光面頭像照片，尺寸為48×33mm。
交費：根據所選擇的簽注種類，到服務大廳或出入境管理機關下的建設銀行交納個人旅遊證件工本費和簽注費。
提交申請：完成以上步驟後，將申請表和相關材料提交給澳門特別行政區政府身份證明局。
需要注意的是，澳門特區護照的防偽性較強，其中包含持證人的右手食指指紋及附加照片，這在一定程度上增加了護照的安全性，但也可能增加資料洩露的風險。持證人在海外時不能直接通過中華人民共和國駐當地機構補領或續期，需要自行處理相關手續。