《火焰之紋章覺醒》的故事發生在卡姆蘭大陸，講述了艾雷歐斯帝國的王子瓦內薩和艾歐澤亞的盟友們，為了拯救世界而啟動一場史詩級戰爭的故事。這場戰爭將帝國、王立國教、聯邦等眾多勢力捲入其中，構成了遊戲的多個章節。玩家可以扮演不同的角色，加入到各自的陣營中，為了自己的信仰和目標而奮鬥。
遊戲的主線故事圍繞著紋章士展開，他們擁有特殊的能力和技能，成為了各個勢力爭奪的對象。玩家需要與隊友合作，通過戰鬥和策略來克服各種困難，完成各種任務和挑戰，最終實現自己的目標。
此外，《火焰之紋章覺醒》還包含了許多支線故事和角色，玩家可以在遊戲的世界中不斷探索，了解他們的故事和背景，與他們建立聯繫並展開合作。這些故事和角色為遊戲的世界觀和劇情增添了豐富的內容，使得玩家可以在一個龐大的故事世界中暢遊。