木瓜發苦的原因主要有以下幾點：
未成熟：未成熟的木瓜中含有乳液，這種乳液中的物質可能帶有苦味，使木瓜味道發苦。這是因爲木瓜成熟之後果肉柔軟，很容易就會碰傷，因此果農在採摘木瓜都是生摘，並沒有等到木瓜成熟，這時候的木瓜都是青澀，直接食用會有苦味。
不當保存或者在採摘、運輸過程中受損：如果木瓜在存放時受到擠壓或劃傷，也可能導致苦味的產生。這是因爲木瓜只能喫木瓜的果肉，食用之前需要去掉其外皮和裏面的木瓜籽，再清洗乾淨後便可食用。若是果皮去得太薄，靠近外皮的果肉會帶有苦味，因爲木瓜果皮中含有苦味的成分，並且木瓜籽也帶有苦味。
綜上所述，木瓜有點苦是正常的，可以放心食用。