水果發黴的主要原因是由於微生物的繁殖，尤其是黴菌。
水果中含有豐富的營養成分，如水分和糖分，這些成分非常適合黴菌的生長和繁殖。當水果受損或表面有微小的劃痕時，黴菌就會進入水果內部，導致發黴。此外，溫暖潮溼的環境條件也會促進黴菌的生長。在水果採摘、儲藏、運輸及銷售過程中，由於磕碰、擠壓或磨損等原因造成的損傷，也會爲黴菌的入侵提供便利。一旦黴菌開始繁殖，它們不僅會破壞水果的組織結構，使其變質，還可能產生真菌毒素，這些毒素對人體健康有潛在的危害。因此，爲了防止水果發黴，應儘量避免水果受損，並確保儲存環境乾燥、通風。