無葉風扇的缺點主要包括：
價格較高。由於技術相對較新且設計成本較高，無葉風扇通常比傳統風扇更昂貴。
風力較弱。無葉風扇的風力通常比傳統風扇弱，可能不適合需要強風的用戶。
散熱性能一般。由於沒有葉片，無葉風扇無法產生旋轉的氣流，散熱性能不如傳統風扇，長時間使用可能導致電機過熱。
風向不可調。無葉風扇的風向通常固定，無法像傳統風扇那樣進行調節。
噪音問題。一些型號的無葉風扇在高速運行時可能會產生較大的噪音，尤其是在風量大的情況下。
穩定性較差。無葉風扇的底盤通常較窄，放置時可能不夠穩定，容易傾倒。
空氣淨化功能有限。部分無葉風扇宣稱具有空氣淨化功能，但實際上效果可能有限，主要因爲其過濾系統可能無法有效過濾空氣中的細小顆粒物和有害氣體。
能量轉換效率可能較低。從能量轉換的角度來看，無葉風扇的進風口和出風口相比傳統風扇增加了風流流動的阻力，其轉換效率可能不如傳統風扇。
功能相對單一。與傳統風扇相比，無葉風扇的功能可能較爲單一，缺乏如睡眠模式、不同風速設置等額外功能。