燕窩的保存方法取決於其形態和濕度，具體可參考如下：
對於乾燕窩，應存放在陰涼乾燥的地方，避免陽光直射，並確保通風良好，如果幹燕窩濕度較大，可以將其放在通風處風乾，然後密封保存；如果幹燕窩已經輕微發霉，可以用牙刷加少許水清潔後風乾；若發霉嚴重至變黑，則不可食用，因為可能已被細菌侵蝕。
對於泡發好的燕窩，應先瀝乾水分，然後使用乾淨的器皿密封保存，可以放在冰櫃的冷藏室中，保存期限為7至15天；如果燕窩量多，短期內吃不完，可以將其分裝到小盒中放入冰櫃冷凍室，保存期限可達3至4個月。
對於燉好的燕窩，應將燉好的燕窩分裝好，密封後置於冰櫃冷藏，保存期限約為7天，儘快食用；若未燉煮的燕窩，建議放在乾燥陰涼處保存。
此外，使用乾淨的勺子取用燕窩，以防引入細菌；避免將燕窩與葷菜或油膩食物擺放在一起；開封後的即食燕窩建議在24小時內食用完。