牛皮菜根主要配料是牛皮、菜根，還會加入辣椒、大蒜等調味料，具體的製作方法可能因地域和口味而有所不同。例如雲南佤族的佤味牛皮菜根，是採用正宗小黃牛牛皮清洗乾淨後煮透，加上雲南特有的苤菜根一起醃製製作而成。