物流成本的計算可以通過多種方法進行，主要包括：
按照重量或體積計費。根據寄送貨物的毛重或體積來計算運輸費用。這種方法適用於貨物的體積在規定範圍內的情況。
按照件數計費。按照貨物的實際件數來計算運費，這種計費方式一般適用於比較貴重的物品。
作業成本法（Activity-Based Costing）。這是一種更復雜的計算方法，通過識別和計算物流作業中的所有成本，以更準確地反映物流成本。這種方法適用於需要詳細瞭解物流成本細節的情況。
按支付形態計算。將物流成本分爲人工費、運輸設備折舊、包裝材料費、物流利息等，然後計算總成本。這種方法有助於瞭解物流成本的總貌。
按功能計算。將物流成本分爲包裝、配送、保管、搬運、信息、物流管理等功能相關的費用，從而識別出成本最高的物流功能。
按適用對象計算。例如按商品、地區、顧客或營業單位等不同的基準來計算物流成本，這種方法有助於分析不同對象上的物流成本分佈。
此外，配送成本的覈算還包括配送運輸成本、分揀成本、配裝成本、流通加工成本等，通過對這些環節的成本分析，可以更全面地瞭解物流成本的構成。