物流成本核算的方法主要包括以下幾種：
按支付形態核算物流成本。這種方法根據物流費用的支付形式進行成本核算，如運費、保管費、包裝材料費等。
按物流功能核算物流成本。即根據物流活動的功能進行成本核算，例如包裝、配送、保管、搬運等。
按物流範圍別核算物流成本。以物流活動的範圍為成本核算對象，如企業內部的物流活動或特定項目的物流活動。
按適用對象別核算物流成本。根據不同的適用對象進行物流成本核算，如按商品、地區、顧客或營業單位等。
按重量、體積計費。根據寄送貨物的重量或體積來計算運輸費用。
會計核算方式。包括雙軌制和單軌制，雙軌制是在傳統成本核算體系不變的情況下，單獨建立物流成本核算體系；單軌制則是改變傳統成本核算體系，建立一套能提供多種成本信息的共同的核算體系。
統計核算方式。不要求設定完整的憑證、賬戶和報表體系，而是通過對企業現行成本核算資料的剖析，從中抽出物流活動耗費部分，再加上部分現行成本核算。
此外，還有按件數計費、按議定計費等方法，適用於特定情況下的物流成本核算。