珍妃的死亡原因如下：
背景：珍妃是光緒皇帝的寵妃，因多次違反宮闈禁忌和賣官受賄，加上光緒皇帝對她情有獨鍾，冷落了慈禧的親外甥女隆裕皇后，最終導致慈禧對她產生了不滿。
死因：在八國聯軍攻入北京時，慈禧太后帶着光緒皇帝西逃，珍妃因不肯跟隨而留在宮中。慈禧太后命人將珍妃投入井中，確保其死亡。
過程：據太監崔玉貴的回憶，慈禧太后命他和另一箇太監將珍妃扔入井中，並向井內投擲兩塊大石頭以確保珍妃死亡。
後續：慈禧太后回到宮後，命人將珍妃的屍骨打撈出來，裝殮入棺，並以“貞烈殉節”的名義葬於阜成門外恩濟莊的宮女墓地。慈禧太后死後，攝政王載灃將珍妃的死因從“投井自殺”改爲“被崔玉貴投入井中溺亡”。
綜上所述，珍妃的死因是被慈禧太后命人投入井中溺亡，這一事件發生在八國聯軍攻入北京、慈禧太后和光緒皇帝西逃的背景下。