瑪瑙的顏色非常豐富，主要包括以下幾種：
白瑪瑙：以其純淨的白色外觀著稱，賦予了它一種高雅和典雅的氛圍。
紅瑪瑙：常見的顏色爲深紅色，象徵着熱情和勇氣，常被用作守護和庇佑的象徵。
綠瑪瑙：具有獨特的綠色和紋理，類似於苔蘚的外觀，給人以自然和平靜的感覺。
藍瑪瑙：指藍色或藍白色相間的瑪瑙，顏色十分美麗。優質者顏色深藍，次者顏色淺淡。
紫瑪瑙：顏色多呈單一的紫色，沒有其他花紋。
黑瑪瑙：天然的很少見，目前中國珠寶市場上的黑瑪瑙大都是人工染色而成。
棕瑪瑙：又名鴿血瑪瑙，其顏色一般是黃紅色到棕紅色的。
膽青瑪瑙：是一種青黑色的瑪瑙，其顏色青如膽汁，故得此名。
此外，還有一些特殊的瑪瑙品種，如南紅瑪瑙、戰國紅瑪瑙、苔蘚瑪瑙、火瑪瑙、水膽瑪瑙、阿拉善瑪瑙和鹽源瑪瑙等，它們各自具有獨特的顏色和紋理，被廣泛用於製作各類珠寶飾品和高級珠寶作品。