生物肥料是一種環保型的肥料，其使用方法多樣，主要取決於作物的類型和生長階段。以下是一些常見的生物肥料使用方法：
種施法。在機械播種時，將顆粒生物有機肥與少量化肥混合，隨播種機施入土壤。
撒施法。結合深耕或在播種時，將生物有機肥均勻地施在根系集中分布的區域和經常保持濕潤狀態的土層中。
條狀溝施法。在條播作物或葡萄等果樹，開溝後施肥播種，或在距離果樹5厘米處開溝施肥。
環狀溝施法。在蘋果、桃、梨等幼年果樹，距樹幹20至30厘米處，繞樹幹開一環狀溝，施肥後覆土。
放射狀溝施法。在蘋果、桃、梨等成年果樹，距樹幹30厘米處，按果樹根系伸展情況向四周開4至5個50厘米長的溝，施肥後覆土。
穴施法。在點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴後再播種或移栽。
蘸根法。對於移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根後再定植。
蓋種肥法。在開溝播種後，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。
此外，還有一種方法為拌種法，適用於大粒種子如玉米、小麥等，將生物有機肥與種子混合後一起播入土壤，對於小粒種子如油菜、菸草、蔬菜、花卉等，也用生物有機肥與種子混合播入土壤。選擇合適的方法對於提高作物的生長和產量非常重要。